# ################################################################# #
#### LOAD LIBRARY AND DEFINE CORE SETTINGS                       ####
# ################################################################# #

### Clear memory
rm(list = ls())

### Load Apollo library
library(apollo)

### Initialise code
apollo_initialise()

### Set core controls
apollo_control = list(
  modelName  ="Apollo_MNL2 con costo",
  modelDescr ="Simple MNL model SP data",
  indivID    ="ID"
)

# ################################################################# #
#### LOAD DATA AND APPLY ANY TRANSFORMATIONS                     ####
# ################################################################# #

database = read.csv("database auto_bus2.csv",sep=";", header=TRUE)


# ################################################################# #
#### ANALYSIS OF CHOICES                                         ####
# ################################################################# #

choiceAnalysis_settings <- list(
  alternatives = c(bus=1, auto=2),
  avail        = 1,
  choiceVar    = database$choice,
  explanators  = database[,c("sex")]
)

apollo_choiceAnalysis(choiceAnalysis_settings, apollo_control, database)

# ################################################################# #
#### DEFINE MODEL PARAMETERS                                     ####
# ################################################################# #

### Vector of parameters, including any that are kept fixed in estimation
apollo_beta=c(asc_auto   = 0,
              asc_bus   = 0,
              b_tempo  = 0,
              b_costo =0
             )

### Vector with names (in quotes) of parameters to be kept fixed at their starting value in apollo_beta, use apollo_beta_fixed = c() if none
apollo_fixed = c("asc_bus")

# ################################################################# #
#### GROUP AND VALIDATE INPUTS                                   ####
# ################################################################# #

apollo_inputs = apollo_validateInputs()

# ################################################################# #
#### DEFINE MODEL AND LIKELIHOOD FUNCTION                        ####
# ################################################################# #

apollo_probabilities=function(apollo_beta, apollo_inputs, functionality="estimate"){
    
  ### Attach inputs and detach after function exit
  apollo_attach(apollo_beta, apollo_inputs)
  on.exit(apollo_detach(apollo_beta, apollo_inputs))

  ### Create list of probabilities P
  P = list()
  
  ### List of utilities: these must use the same names as in mnl_settings, order is irrelevant
  V = list()
   V[['bus']]  = asc_bus  + b_tempo  * tempobus + b_costo * costobuskm
   V[['auto']]  = asc_auto  + b_tempo  * tempoauto + b_costo * costoautokm
 
  
  ### Define settings for MNL model component
  mnl_settings = list(
    alternatives  = c(bus=1, auto=2), 
    avail         = 1, 
    choiceVar     = choice,
    V             = V
  )
  
  ### Compute probabilities using MNL model
  P[['model']] = apollo_mnl(mnl_settings, functionality)
  
  ### Take product across observation for same individual
    # P = apollo_panelProd(P, apollo_inputs, functionality)
  
  ### Prepare and return outputs of function
  P = apollo_prepareProb(P, apollo_inputs, functionality)
  return(P)
}

# ################################################################# #
#### MODEL ESTIMATION                                            ####
# ################################################################# #

model = apollo_estimate(apollo_beta, apollo_fixed, apollo_probabilities, apollo_inputs)

# ################################################################# #
#### MODEL OUTPUTS                                               ####
# ################################################################# #

# ----------------------------------------------------------------- #
#---- FORMATTED OUTPUT (TO SCREEN)                               ----
# ----------------------------------------------------------------- #

# apollo_modelOutput(model)
apollo_modelOutput(model, modelOutput_settings=list(printPVal=TRUE) )

# ----------------------------------------------------------------- #
#---- FORMATTED OUTPUT (TO FILE, using model name)               ----
# ----------------------------------------------------------------- #

apollo_saveOutput(model)