580SM - STOCHASTIC MODELLING AND SIMULATION 2018

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• Seleziona sezione Stochastic Modelling and Simulation

  Stochastic Modelling and Simulation

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  Welcome to the Moodle page of Stochastic Modelling and Simulation. 

  The course is organised in topics.  In each block you will find: 

  • Slides/whiteboards of the lectures
  • Didactic material: books, papers, ...
  • Lab material: code, libraries, ...
  • Links to lecture videos.

   

  • Seleziona attività Annunci

    

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  • Seleziona attività News

    

    News Forum
  • Seleziona attività Discussion

    

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• Seleziona sezione Introduction

  Introduction

  • Seleziona attività Slides: Introduction

    

    Slides: Introduction File PDF
  • Seleziona attività Video: Introduction - I

    

    Video: Introduction - I URL
  • Seleziona attività Video: Introduction to modelling and to Python

    

    Video: Introduction to modelling and to Python URL
  • Seleziona attività Further reading: Computational Science and Engineering

    

    Further reading: Computational Science and Engineering URL
• Seleziona sezione Python for Scientific Computing

  Python for Scientific Computing

  • Seleziona attività Instructions: Installing Python

    

    Instructions: Installing Python Pagina
  • Seleziona attività Files: Introduction to Python for Scientific Computing

    

    Files: Introduction to Python for Scientific Computing URL
  • Seleziona attività Video: Introduction to Numpy

    

    Video: Introduction to Numpy URL
  • Seleziona attività Book: Numerical Python

    

    Book: Numerical Python File PDF
• Seleziona sezione Sampling Random Variates

  Sampling Random Variates

  • Seleziona attività Video: Introduction to Probabilities

    

    Video: Introduction to Probabilities URL
  • Seleziona attività Video: Pseudo Random Number Generation

    

    Video: Pseudo Random Number Generation URL
  • Seleziona attività Video: Inversion Method

    

    Video: Inversion Method URL
  • Seleziona attività Video: Box Muller transform and ancestral sampling

    

    Video: Box Muller transform and ancestral sampling URL
  • Seleziona attività Video: rejection sampling

    

    Video: rejection sampling URL
  • Seleziona attività Sampling_lab

    

    Sampling_lab File ZIP
• Seleziona sezione Discrete Time Markov Chains

  Discrete Time Markov Chains

  • Seleziona attività Slides: Discrete Time Markov Chains

    

    Slides: Discrete Time Markov Chains File PDF
  • Seleziona attività Video: Introduction to Discrete Time Markov Chains

    

    Video: Introduction to Discrete Time Markov Chains URL
  • Seleziona attività Video: DTMC transient and reachability probabilities

    

    Video: DTMC transient and reachability probabilities URL
  • Seleziona attività Video: Steady state distribution and simulation of DTMC

    

    Video: Steady state distribution and simulation of DTMC URL
  • Seleziona attività Book: Durrett - Essentials of Stochastic Processes

    

    Book: Durrett - Essentials of Stochastic Processes File PDF
  • Seleziona attività Book: Norris - Markov Chains

    

    Book: Norris - Markov Chains File PDF
  • Seleziona attività DTMC_lab

    

    DTMC_lab File ZIP
• Seleziona sezione Markov Chain Monte Carlo and analysis of simulations

  Markov Chain Monte Carlo and analysis of simulations

  • Seleziona attività Video: Statistical Analysis of Simulation

    

    Video: Statistical Analysis of Simulation URL
  • Seleziona attività Video: confidence intervals (correct version)

    

    Video: confidence intervals (correct version) URL
  • Seleziona attività Video: Bayesian Analysis of Behavioural Properties

    

    Video: Bayesian Analysis of Behavioural Properties URL
  • Seleziona attività Video: MCMC

    

    Video: MCMC URL
  • Seleziona attività Video: MCMC and batch means

    

    Video: MCMC and batch means URL
  • Seleziona attività Reading: MCMC intro

    

    Reading: MCMC intro File PDF
  • Seleziona attività Reading: Hamiltonian MC and no-U-turn sampling

    

    Reading: Hamiltonian MC and no-U-turn sampling File PDF
• Seleziona sezione Continuous Time Markov Chains and Population CTMC

  Continuous Time Markov Chains and Population CTMC

  • Seleziona attività Slides: CTMC

    

    Slides: CTMC File PDF
  • Seleziona attività Video: Exponential distribution

    

    Video: Exponential distribution URL
  • Seleziona attività Video: Intro to CTMC

    

    Video: Intro to CTMC URL
  • Seleziona attività Video: CTMC uniformization

    

    Video: CTMC uniformization URL
  • Seleziona attività Video: Population CTMCs

    

    Video: Population CTMCs URL
  • Seleziona attività Video: simulation of PCTMC

    

    Video: simulation of PCTMC URL
  • Seleziona attività A survey on simulation of chemical reaction networks

    

    A survey on simulation of chemical reaction networks File PDF
  • Seleziona attività Gillespie - SSA

    

    Gillespie - SSA File PDF
  • Seleziona attività Gibson Bruck

    

    Gibson Bruck File PDF
  • Seleziona attività Tau Leaping

    

    Tau Leaping File PDF
  • Seleziona attività CTMC_lab

    

    CTMC_lab File ZIP
  • Seleziona attività PCTMC_lab

    

    PCTMC_lab File ZIP
• Seleziona sezione Modelling in Systems Biology

  Modelling in Systems Biology

  • Seleziona attività Slides: Introduction to Computational Systems Biology

    

    Slides: Introduction to Computational Systems Biology File PDF
  • Seleziona attività Video: Introduction to computational systems biology

    

    Video: Introduction to computational systems biology URL
  • Seleziona attività Wilkinson - Stochastic Modelling in Systems Biology

    

    Wilkinson - Stochastic Modelling in Systems Biology File PDF
• Seleziona sezione Stochastic Approximation

  Stochastic Approximation

  • Seleziona attività Slides: mean field approximation

    

    Slides: mean field approximation File PDF
  • Seleziona attività Slides: moment closure and linear noise approximation

    

    Slides: moment closure and linear noise approximation File PDF
  • Seleziona attività Video: mean field approximation

    

    Video: mean field approximation URL
  • Seleziona attività Video: moment closure and linear noise approximation

    

    Video: moment closure and linear noise approximation URL
  • Seleziona attività Darling Norris - Differential equation approximations for Markov chains

    

    Darling Norris - Differential equation approximations for Markov chains File PDF
  • Seleziona attività Tutorial on mean field

    

    Tutorial on mean field File PDF
  • Seleziona attività Hybrid mean field

    

    Hybrid mean field File PDF
  • Seleziona attività Gardiner - Handobook of Stochastic Processes

    

    Gardiner - Handobook of Stochastic Processes File
• Seleziona sezione Parameter Estimation

  Parameter Estimation

  • Seleziona attività Video: parameter estimation

    

    Video: parameter estimation URL
  • Seleziona attività Reading material

    Reading material

  • Seleziona attività Reinker - Parameter Estimation

    

    Reinker - Parameter Estimation File PDF
  • Seleziona attività *Stumpf - ABC for Parameter Inference

    

    *Stumpf - ABC for Parameter Inference File PDF
  • Seleziona attività *Lygeros - Moment-based parameter inference

    

    *Lygeros - Moment-based parameter inference File PDF
  • Seleziona attività Sanguinetti - Variational Inference for CTMC

    

    Sanguinetti - Variational Inference for CTMC File PDF
  • Seleziona attività Wolf - Numerical Parameter Estimation

    

    Wolf - Numerical Parameter Estimation File PDF