610SM - ANALISI INFORMATICHE DI DATI GENOMICI 2018

Elementi di genomica
• Richiami sull’organizzazione del genoma e dei metodi per il sequenziamento massivo di DNA ed RNA.
• Banche dati di acidi Nucleici (EMBL,NCBI, EBI)
Elementi di analisi dei dati genomici in ambiente R
• Nozioni di base sul linguaggio R
• variabili e strutture dati
• istruzione condizionale e iterativa
• concetto di funzione e libreria di funzioni
• input/output da file (formati csv, tsv)
• elementi di output grafico (istruzione plot)
• Introduzione alla libreria Bioconductor
• Database biologici
• Uso dei navigatori genomici (UCSC Genome, Ensemble, BioMart)
• Elaborazione in R delle tabelle di annotazione UCSC, Ensemble, BioMart
• Analisi dati di microarray in ambiente R
• Analisi di qualità (normalizzazione)
• Analisi geni differenzialmente espressi (test statistici e fold change)
• Gene set enrichment (GO, GSEA)
• Analisi di sequenze in ambiente R
• Algoritmi di allineamento
• Algoritmi di predizione regioni codificanti (Genescan)
• Algoritmi di annotazione
• Metanalisi su sequenze pu