899SV - GENOMICA COMPUTAZIONALE 2025
Schema della sezione
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Descrizione del corso
Il corso introduce ai concetti fondamentali e all’applicazione pratica dei metodi computazionali per lo studio dei genomi. Questi strumenti vengono applicati e approfonditi in diversi contesti, come l’assemblamento di genomi, l’epigenomica, la caratterizzazione funzionale di mutazioni e di zone del genoma, la genomica delle popolazioni, l’analisi del DNA antico e la metagenomica. Il corso si pone obiettivi si pone l’obiettivo di rendere gli studenti capaci di comprendere ed effettuare analisi computazionali di dati genomici a partire dal sequenziatore fino all’assemblamento e annotazione di genomi completi, alla loro genotipizzazione e caratterizzazione funzionale. A tal fine, il corso si propone obiettivi sia teorici, volti a fornire le basi per comprendere criticamente algortimi e programmi bioinformatici e le loro funzioni e funzionamento, che pratici, tramite attivitá computazionale laboratoriale, volti a rendere gli studenti in grado di manipolare e processare sequenze di DNA e genomi.
Metodi didattici
Lezioni frontali (3CFU) e laboratorio computazionale in aula (3CFU). I laboratori saranno alternati alle lezioni frontali, col fine di complementare tempestivamente i concetti teorici appresi con esperienze pratiche. Il Martedi effettueremo sempre una parte di lezione frontale e una parte laboratoriale. Il Giovedi alternerà. Il laboratorio computazionale consisterà nell’analisi di dati genomici con metodi computazionali, e nello sviluppo interattivo di programmi e pipelines. Gli studenti sono invitati a portare i propri laptop durante le attività laboratoriali, con la finalitá di rendere ogni studente capace e dotato di analizzare indipendentemente dati computazionali e di sperimentare indipendentemente con le tecniche apprese a lezione. I dati per le analisi verranno forniti tramite Teams, github (https://github.com/fabrimafe/GenomicaComputazionale2025_2026) e database pubblici. Le analisi verranno effettuate interattivamente, con la possibilitá per gli studenti di proporre progetti e casi studio ed esempi pertinenti ai loro interessi e alle loro tesi.