Topic outline

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  General

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• Slides
  
  

  Slides

  • Lezione 1 - Introduzione al corso ed alla bioinformatica File Powerpoint presentation
  • Lezione 2 - Database bioinformatici, NCBI, EBI e ricerca dati File Powerpoint presentation
  • Lezione 3 - Il mondo delle pubblicazioni scientifiche/predatory publishers File Powerpoint presentation
  • Lezione 4 - COSMIC, sintenia, altri genome browser e Human Protein Atlas File Powerpoint presentation
  • Lezione 5 - Omologia, similarità, matrici a punti e matrici di sostituzone File Powerpoint presentation
  • Lezione 6 - Algoritmi per l'allineamento tra sequenze File Powerpoint presentation
  • Lezione 7 - BLAST File Powerpoint presentation
  • Lezione 8 - Ricerca di profili e motivi File Powerpoint presentation
  • Lezione 9 - Predizione strutturale File Powerpoint presentation
  • Lezione 10 - Allineamento multiplo di sequenze File Powerpoint presentation
  • Lezione 11 - Basi di Filogenesi molecolare File Powerpoint presentation
• Video lezioni
  
  

  Video lezioni

  • Lezione1 - introduzione al corso ed alla bioinformatica URL
  • Lezione 2A - struttura dei database bioinformatici URL
  • Lezione 2B - I portali bioinformatici URL
  • Lezione 2C - Ricerche in database URL
  • Lezione 3A - Il mondo delle pubblicazioni scientifiche - Indici bibliometrici URL
  • Lezione 3B - Predatory Publishing URL
  • Lezione 3C - Esperienza sui predatory publishers URL
  • Lezione 4A - Introduzione ai genome browser URL
  • Lezione 4B - Ensembl ed esplorazione delle varianti genetiche URL
  • Lezione 4C - COSMIC, sintenia, altri genome browser e Human Protein Atlas URL
  • Lezione 5A - Omologia e similarità + matrici a punti URL
  • Lezione 5B - matrici di sostituzione URL
  • Lezione 6A - Algoritmi Needleman-Wunsch e Smith-Waterman URL
  • Lezione 6B - Approcci euristici all'allineamento: FASTA URL
  • Lezione 7A - Blast e parametri principali URL
  • Lezione 7B - BLAST - interfaccia grafica ed interpretazione URL
  • Lezione 7C - Utilizzo pratico di BLAST URL
  • Lezione 8A - Domini e profili - PSI-BLAST URL
  • Lezione 8B- Interpro e HMM; pattern matching, recognition e discovery URL
  • Lezione 9A - Predizione della localizzazione subcellulare URL
  • Lezione 9B - Predizione strutture secondarie e terizarie URL
  • Lezione 9C - CASP ed annotazione funzionale URL
  • Lezione 10A - Algoritmi per l'allineamento multiplo di sequenze URL
  • Lezione 10 B - pratiche avanzate nell'allineamento multiplo e analisi di selezione URL
  • Lezione 11A - Alberi filogenetici e terminologia URL
  • Lezione 11B - Albero filogenetici - impostazione e rappresentazione URL
  • Lezione 11C - Algoritmi per analisi filogenetiche e cenni sulla filogenomica URL
• Sessioni Q&A su Teams
  
  

  Sessioni Q&A su Teams

  • Prima sessione Q&A - argomenti introduttivi URL
  • Seconda sessione Q&A - database bibliografici e genome browsers URL
  • Terza sessione Q&A - Genome browser e dot plot URL
  • 4a sessione Q&A - Allineaemento tra sequenze e matrici di sostituzione URL
  • 5a sessione Q&A - BLAST URL
  • 6a sessione Q&A - HMM, profili, PSI-BLAST e PHI-BLAST URL
  • 7a sessione Q&A - Predizione strutturale URL
  • 8a sessione Q&A - allineamento multiplo di sequenze URL
  • 9a sessione Q&A - analisi filogenetiche URL
  • Sessione Q&A - Laboratorio1 URL
  • Sessione Q&A - Laboratorio 2 URL
  • Sessione Q&A - Laboratorio 3 URL
• Materiale aggiuntivo
  
  

  Materiale aggiuntivo

  • EASE statement File PDF document
  • Predatory publishing - sting operation File PDF document
  • COPE core practices File PDF document
  • Esperienza predatory publishing File Word document
  • Approfondimento sugli aspetti tecnici degli algoritmi di allineamento File PDF document
  • Risultati CASP13 File PDF document
  • Yoon_2009_HMM File PDF document
• Laboratori
  
  

  Laboratori

  • Laboratorio 1 - Consegna File Word document
  • Laboratorio 1 - svolgimento URL
  • Laboratorio 2 - consegna File Word document
  • Laboratorio 2 - svolgimento URL
  • Esercitazione 3 - consegna File Word document
  • Esercitazione 3 - svolgimento URL
• Esempio domande di esame
  
  

  Esempio domande di esame
• Risultati appelli
  
  

  Risultati appelli
• Topic 8
  
  

  Topic 8
• Topic 9
  
  

  Topic 9
• Topic 10
  
  

  Topic 10