Cari studenti,
inserisco la domanda e la relativa risposta corretta alla mia domanda aperta del compito del 3 febbraio 2026.
Spiegare brevemente per quale motivo le proteine caricate in un pozzetto elettroforetico, una volta entrate nello stacking gel si compattano in un volume molto piccolo.
Nel sistema SDS-PAGE si usa un sistema di tamponi discontinuo, in cui gel e tampone di corsa hanno composizione diversa: lo stacking gel è costituito tra le altre cose da Tris-HCl pH 6.8; lo ione cloruro (Cl⁻) è completamente dissociato a tutti i pH utilizzati e ha mobilità elettroforetica molto alta, migra velocemente e fa da fronte anteriore. La glicina, che è contenuta nel tampone di corsa (Tris-glicina-SDS vedi protocollo esperienza 11) che riempie la vasca elettroforetica, quando entra nello stacking gel passa da pH 8.3 a pH 6.8 modificando il suo stato di protonazione (da specie negativa a zwitterionica), migra lentamente e fa da fronte posteriore.
Le proteine, caricate negativamente grazie alla presenza dell’SDS, rimangono intrappolate tra questi due fronti ionici e vengono quindi “impilate” (stacked) in una banda molto sottile.
Questo serve a farle entrare nel gel di separazione tutte insieme, migliorando la risoluzione della separazione.
Una volta che tutte le specie chimiche sono entrate nel gel di separazione, le cose cambiano nuovamente. La glicina acquista carica netta negativa (il pH passa infatti da 6.8 a 8.8) e migra velocemente verso l’anodo superando le proteine. Queste ultime, grazie al medesimo rapporto carica/massa, in virtù del setaccio determinato dal gel di acrialammide si separano in base al loro peso molecolare.